Vista における信頼されたローカル swf

Vista の場合のユーザ別 cfg ファイル格納位置。

C:\Documents and Settings\hoge\AppData\Roaming\Macromedia\Flash Player\#Security\FlashPlayerTrust

以上、 AppData は隠しディレクトリなので注意。XP などの場合 Roaming というディレクトリを挟まないので、そこではまる可能性があります。
なお Flex Builder で作ったプロジェクトはこのディレクトリ内の cfg ファイルに登録されていくため、自動的に信頼されるようです。